La descripción del topónimo del Municipio de Santo Tomás Caltepec, proviene del náhuatl “calli” que significa “casa” y “tépetl” que significa “cerro”; o sea “Casa en el Cerro”, cuya representación simboliza a los primeros habitantes que se establecieron en una cañada del río Cutzamala de la provincia Matlatzinca, conocido con el nombre de Caltépec.