El municipio de Santo Tomás toma su nombre de su cabecera municipal, el cual fue asignado durante la época de la colonia y fue adoptado de uno de los apóstoles. Posteriormente con la introducción de las huembas de plátanos, don Vasco de Quiroga lo designó Santo Tomas de los Plátanos. De manera oficial.
El pueblo de Santo Tomás, en uno de los documentos más antiguos que data de los años de 1686 a 1688, refiere el litigio por la posesión y legítima herencia de la “hacienda y trapiche de Santa Bárbara”.
Durante el gobierno colonial, dependió de la alcaldía de Temascaltepec y Tuzantla, hoy del Estado de Michoacán. Para el año de 1794 Santo Tomás aún no es llamado con el sobrenombre “de los Plátanos” y para ese entonces, también puede deducirse, seguía perteneciendo al partido o jurisdicción de Temascaltepec.
En 1834 Santo Tomás, junto con Ahuacatlán, San Francisco Xoconusco, Ixtapan del Oro estaban sujetos al Ayuntamiento de San Martín Otzoloapan que dependía del partido de Temascaltepec y de la Prefectura de Sultepec.
En 1487 el coronel Ramón Archundia, jefe de armas de San Martín Otzoloapan, pretendió que los vecinos de Santo Tomás se incorporaran a la guardia nacional para salir a combatir al invasor estadounidense. Los vecinos de Santo Tomás se rebelaron en contra de la pretensión del Coronel y le hubiesen quitado la vida de no ser por el cura del pueblo, quien apaciguó al tumulto.
Durante la intervención francesa, Santo Tomás logró que el General Felipe B. Berriozábal, erigiera la municipalidad de Santo Tomás de los Plátanos. No se conoce el decreto pero en 1870 ya tenía funciones de Ayuntamiento.
En enero de 1876), el país se veía envuelto en una lucha fraticida, en esas luchas, alguno de los partidos preponderaba y entonces postergaba al vencido; alternativamente tales hechos sucedían, sembrando la angustia en los ánimos de ambos contendientes”. En ese mismo año Don Francisco Salinas apoyado fuertemente por el coronel Ugalde ocupó el Valle, llevando consigo la desolación, pues en ese tiempo se vengaron de sus enemigos fusilando a algunos de ellos logrando Don Rafael Castillo, dominar a Ugalde impidiendo que pasara por las armas a los porfiristas Epitacio Cortés y Manuel Carrillo, originarios de Amanalco y que habían hecho resistencia en el Valle a las tropas gobiernistas.
Para el año de 1914, la plaza de Santo Tomás de los Plátanos, es asaltada y tomada el 2 de febrero por 60 rebeldes procedentes de Susupuáto de Guerrero, Michoacán.
En los años de 1934-1936, una serie de situaciones de luchas internas entre distintos poblados vecinos fueron frecuentes, resultado de antiguas posiciones e intereses antagónicos religiosos, políticos y económicos (agraristas) que aún se vislumbraban, Santo Tomás de los Plátanos no se encontró ajeno a esta realidad.
El 14 de octubre de 1956, el pueblo de Santo Tomás de los Plátanos es trasladado en procesión con las imágenes del templo a su nueva ubicación, lo que es hoy el Nuevo Santo Tomás de los Plátanos.
