El municipio de Santo Tomás está conformado por 30 delegaciones, 2 Subdelegaciones y 5 Caseríos, como se describe:
DELEGACIONES MUNICIPALES
1.- San José Barbechos
2.- Las Canoas
3.- Las Fincas
4.- San Pedro Ixtapantongo
5.- El Jocoyol
6.- La Laguna
7.- El Llano
8.- Loma Bonita
9.- El Ocotal
10.- Poblado de Santo Tomás (El Puerto San Isidro)
11.- Potrero de Abajo (Colonia de Guadalupe)
12.- Potrero de Arriba (La Ceiba)
13.- Pueblo Viejo
14.- Rincón Chico
15.- Rincón Grande
16.- Rincón Vivero (El Maracaná)
17.- Salitre Bramador
18.- Salitre de la Cal (El Zapote)
19.- Salitre Terreros
20.- San Miguel Sandemialma
21.- San Pedro el Grande
22.- Santa Bárbara
23.- El Sifón
24.- Tacuitapan
25.- Frontón Vivero
26.- Ojo de Agua
27.- Los Nogales
28.- Potrero de Abajo (Granadillo)
29.- Cieneguillas
30.- El Plan
SUBDELEGACIONES
1.- El Aguacate (Potrero de Arriba)
2.- San de mi Alma (San Miguel Sandemialma)
CASERÍOS
1.- Rincón del Carmen (Ojo de Agua)
2.- San Pedro el Chico (San Pedro el Grande)
3.- El Aguacate (La Laguna)
4.- El Pedregal (San Miguel Sandemialma)
5.- El Anono (Potrero de Abajo)
